Cuerpo de Shedinja se basa en exoesqueleto de un insecto cobertizo. Por lo tanto, su cuerpo es completamente hueco (no posee órganos internos). La concha compuesta de quitina y es totalmente incapaz de movimiento. Como es el shell de cobertizo de un Ninjask plenamente desarrollada, tiene una forma similar a este último. Cuerpo entero de Shedinja es color marrón; el abdomen es de un tono más oscuro. Hay cuatro protrusiones donde estaban creciendo extremidades de Ninjask. Lo que parece ser sus ojos son realmente fracturó; quizás anteriormente para el Ninjask el shell alojados a mirar. Shedinja tiene un par de lo que parecen ser desgarradas "alas" a sus espaldas, que es realmente donde el exoesqueleto fue destrozado por Ninjask para liberarse de la concha. Hay un agujero, de los cuales escapó el Ninjask entre sus "alas". Cada "ala" divide en tres pedazos más pequeños. Estas "alas" no realizan ninguna función, como cuerpo de Shedinja es inmóvil y levita. Dos líneas horizontales un círculo en su abdomen. Carrozas un halo blanco constantemente por encima de su cabeza.