Creado en España en 1480 por los Reyes Católicos y aprobado por bula del Papa Sixto IV, se estableció en Lima en 1569. Poco después se extendió la jurisdic­ción del Tribunal de Lima al Reino de Chile. No fue mucho el trabajo que el Santo Oficio tuvo en Chile, a juzgar por las investigaciones efectuadas por don José Toribio Medina. Fueron en general casos de bigamia, blasfemia o conductas livianas, penadas con destierro o azotes. Con el tiempo y particularmente en el siglo XVIII- fue debilitándose la acción del Tribunal, al cual estuvieron sujetos en los siglos anteriores, todos los herejes sin ex­cepción, los blasfemos, los hechiceros y los adivinos; los invocadores del demonio, los astrólogos y alquimistas, los infieles y los judíos; los excomulgados y los cristianos apóstatas. El representante de la Inquisi­ción de Lima en Chile era el "comisario" o "familiar". encargado de apresar y remitir a Lima a los acusados. Los procesos tenían su origen en denuncias orales o escritas y eran rigurosamente secretos. Las penas eran muy variadas, desde el pago de una multa para los casos leves de fe hasta la pena de muerte mediante la hoguera o la horca. Los autos de fe, que eran la proclamación solemne de las sentencias correspondientes, eran presididas por el Virrey o Gobernador y a ellos asistían los miembros de la Real Audiencia, del Cabildo y de la Universidad. Cuando estalló el movimiento de indepen­dencia de América Española, el Congreso de Chile de 1811 acordó suspender y enviar a Lima el dinero perteneciente a la Inquisi­ción. Dos años más tarde, en 181 3, las Cortes Españolas decretaron la abolición de la Institución en todos los dominios espa­ñoles. Fernando VII la restableció en 18 14. Por último, en 1820 las Cortes Liberales abolieron definitivamente la Inquisición.