Un tipo de marcadores de ADN, generado por la digestión del ADN genómico con dos enzimas de restricción para crear muchos fragmentos de ADN, la ligadura de secuencias específicas de ADN (llamados adaptadores) a los extremos de estos fragmentos, amplificación de los fragmentos mediante PCR (utilizando un conjunto de iniciadores con secuencias correspondientes a los adaptadores, además de varias combinaciones al azar de tres bases adicionales al final)y la visualización de fragmentos mediante electroforesis en gel. El PCR amplificará cualquier fragmento cuya secuencia ocurre comenzar con cualquiera de las secuencias de 3 bases en el conjunto de cartillas. AFLPs tienen la importante ventaja que muchos marcadores pueden ser generados con relativamente poco esfuerzo. Son un medio muy útil para cuantificar el grado de diversidad genética dentro y entre poblaciones. Su gran desventaja es que no son específicos de un locus particular y, porque se anotaron como la presencia o ausencia de una banda, heterocigotos no pueden distinguirse de homocigotos, es decir, se heredan de manera dominante.