La comparación de las ubicaciones del mapa de genes entre especies. Los resultados de estas comparaciones indican conservación sustancial de grandes segmentos de cromosomas entre especies y bloques de genes. Gran puede aprovecharse de esta conservación de la posición del mapa. Por ejemplo, en el caso de los mamíferos, que significa que si un gen se ha asignado en una o ambas de las especies intensamente asignados (humanos y ratones), entonces la localización probable de ese gen en otros mamíferos puede predecir con gran confianza. a la inversa, si un marcador de ADN anónimo asignado tiene un efecto sobre un carácter cuantitativo (este ser indicativo del marcador que se vincula a un locus de rasgos cuantitativos (QTL)) en, digamos, ganado y, a continuación, conocimiento del Mapa comparativo entre el ganado y los seres humanos puede identificar genes en la región homóloga del genoma humano que pudiera corresponder al QTL. Estos genes son llamados genes candidatos posicionales comparativas (q.v.).