Desde el comienzo de la biotecnología recombinante de hongo, la levadura Saccharomyces cerevisiae ha sido el organismo hospedador más comúnmente utilizados para la producción de proteínas Heteróloga. Mayoría desarrollos de la biotecnología de hongo fueron iniciados por trabajo con este organismo.

En los últimos años, otras especies de levadura, tales como Kluyveromyces lactis, Hansenula polymorpha y Pichia pastoris, se han vuelto accesibles para aplicaciones con proteínas recombinantes. Curiosamente, en algunos casos, levaduras son incapaces de expresar eucariotas genes que codifican las proteínas que requieren modificaciones posttranscriptional (como glycosylations). En contraste, los hongos filamentosos son capaces de sintetizar algunas de estas proteínas en forma completamente funcional. Se establecieron sistemas simultáneo con el desarrollo de técnicas de genética molecular y sistemas de transferencia de genes en la levadura, comparable para hongos filamentosos, haciendo factible mejoras de cepa. Filamentous hongos han sido utilizados durante décadas como principales productores en la industria farmacéutica, alimentos y las industrias de procesamiento de alimentos, llevando a un alto nivel técnico en los procesos de fermentación con razón a gran escala. , Junto con el hecho de que muchos hongos filamentosos poseen el GRAS ("generalmente reconocido como seguros," en la terminología de los Estados Unidos. Food and Drug Administration) Estado, les hace organismos ideales para la producción de proteínas recombinantes.

Muchos hongos filamentosos con el estatus de GRAS son organismos estándar para la fermentación a gran escala, capaces de secretar grandes cantidades de proteínas y por lo tanto son organismos de anfitrión ideal para la producción de proteínas recombinantes. Incluidos en esta categoría son Aspergillus niger, Aspergillus oryzae, Cephalosporium chrysogenum, Penicillium chrysogenum y Trichoderma reesei, entre otros.