Un filamento, derivados de un cuerpo gránulo (el blepharoplast) y cubierto por una vaina delgada de citoplasma que generalmente los proyectos desde el cuerpo de un organismo y funciones como un organelo de locomoción o cuando acostado en una ranura en el citostoma (cytostomal flagelo) provoca el movimiento del medio líquido en una dirección determinada. En chirimías sésiles, los flagelos crean corrientes en el medio para llevar las partículas de comida a la boca del organismo y para mover los desechos fuera de ella.