La interacción que se produce cuando un átomo de hidrógeno, unidos covalentemente a un átomo electronegativo (como A–H), interactúa con otro átomo para formar el agregado A–H...Y. el vínculo más fuerte y más corto está indicado como A–H, mientras que la interacción secundaria y más débil se escribe como H....Y. así A–H es un donante del protón, mientras que (Y) es un aceptador del protón, que a menudo contiene par solitario de electrones y puede actuar como una base. Los más fuertes enlaces de hidrógeno se forman entre el más electronegativo (A) átomos como flúor, nitrógeno y oxígeno que interactúan con los átomos (Y) tener electronegatividad mayor que la del hidrógeno (C, N, O, S, Se, F, Cl, Br, I). Los más débiles de hidrógeno bonos están formados por protones ácidos los grupos ilustradas, en cloroformo y acetileno y olefínicos y aromáticos π-electrones actuando como (Y).