La capacidad de los sistemas biológicos y químicos para distinguir entre las moléculas y regular el comportamiento en consecuencia. Cómo moléculas encajan es fundamental en disciplinas como la bioquímica, química medicinal, ciencia de los materiales y Ciencias de la separación. A buen deal de esfuerzo se ha expendido en tratando de evaluar las fuerzas intermoleculares subyacentes. Las débiles fuerzas que actúan sobre distancias cortas (enlaces de hidrógeno, interacciones de van der Waals y aril apilamiento) proporcionan la mayor parte de la selectividad observada en química biológica y permitir el reconocimiento molecular. El reconocimiento evento inicia comportamiento como replicación en los ácidos nucleicos, respuesta inmune en anticuerpos, transducción de señales en los receptores y regulación de las enzimas. Mayoría de los estudios de reconocimiento en química orgánica se han inspirado en estos fenómenos biológicos. Ha sido la tarea de Química bioorgánica desarrollar sistemas capaces de semejante comportamiento complejo con moléculas que son comprensibles y manejable en tamaño, es decir, con sistemas modelo.