El área de estudio centrado en el desarrollo de un sistema de clasificación o taxonomía, para las plantas basado en sus relaciones evolutivas (filogenia). La asunción es que si la clasificación refleja la filogenia, referencia a la clasificación le ayudarán los investigadores centran su trabajo en una manera más precisa. Este principio es ilustrado por el ejemplo de madre e hija, con mucho se conoce sobre los rasgos genéticos de la madre. La genética de rasgos exhibidos por la hija pueden ser en gran medida predijo en este caso, considerando que para dos personas desconocidas relaciones ninguna conjetura es posible con respecto a su similitud genética. La tarea es hacer lo más precisa posible la reconstrucción de la filogenia. Como sistema de clasificación filogenética es construirse ha sido objeto de opiniones discrepantes con el tiempo. Unidad de básico de clasificación está generalmente aceptado que las especies, pero cómo debe reconocerse una especie se ha debatido intensamente. Una perspectiva histórica es útil para explicar la naturaleza de esta controversia.